tornou-se prisioneiro dos índios, permanecendo aqui por quatro meses, enquanto Nóbrega voltava a São Vicente para finalizar o tratado de paz, que seria firmado em 14 de Setembro de 1563, denominado "Paz de Iperoig". Foi nesta época que Anchieta escreveu o Poema à Virgem na praia de Iperoig, constituído de 5.732 versos.Com a paz firmada, o Governador Geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tomou providências para colonizar a região, enviando os primeiros moradores para garantir a posse da terra para a Coroa Portuguesa. O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de Vila em 28 de outubro de 1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem da Costa. Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte. Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transforma em produtora de aguardente e açúcar para o abastecimento das Áreas de Minas Gerais, que experimentava um novo surto do progresso. A Vila de Ubatuba deixa de ter apenas a agricultura de subsistência, passando a uma agricultura comercial, que incluía, além da aguardente e açúcar, fumo, anil e produção de peixe salgado.